המזכירה הרפואית מטפלת במסמכים של רשומה רפואית המקיפה את מהלך הטיפולים, בפרט במחלקות האשפוז בבתי החולים, במרפאות, במכונים, במעבדות, בחדרי המיון, בחדרי הניתוח ועוד. היא משמשת חוליה מקשרת בין המטופל ובני-משפחתו, לבין הצוות הרפואי, מסייעת בריכוז מסמכי המידע הרפואי הפרטני, בהדפסה ובהפקה של המידע הרפואי כולל סיכומי המחלה, בניהול כרטסת החולים, במילוי טפסים נדרשים, בריכוז נתונים לדווח סטטיסטי, ובזימון וקבלה של חולים לטיפול ביחידה. בנוסף, היא מטפלת בהתכתבויות של צוות המחלקה מול גורמים ומוסדות בארץ ובחו"ל, מדפיסה הרצאות, סקירות ועבודות מדעיות, פרוטוקולים וסיכומי ישיבות, ואחראית לניהול הספרייה המדעית של היחידה, וכן מטפלת בציוד המשרדי במחלקה ודואגת לניהולו התקין. כחלק משגרת עבודתה, היא מקיימת קשרי עבודה עם יחידות אחרות במוסד ומחוצה לו. המזכירה הרפואית מועסקת במוסדות בריאות ציבוריים ופרטיים בהם מתקיימת פעילות רפואית- טיפולית או רפואית-מדעית ומחקרית כגון בתי חולים, מרפאות, לשכות בריאות, תחנות לבריאות המשפחה, בריאות הנפש, גופים עסקיים בתחום הבריאות, מערכת הביטחון ועוד.